Komisia, Parlament a Rada môžu rozvinúť semi-ústavný zákon dosiahnutím spoločnej dohody, radšej ako doplnením existujúcej zmluvy. Tieto tzv. „medzi-inštitucionálne" dohody sú záväzné pre zúčastnené inštitúcie. Právomoc, že Európsky parlament môže kontrolovať rozpočet EU, bola rozvinutá touto cestou.
Zmluva z Nice povoľuje iba medzi-inšticionálne dohody, na ktorých sa zúčastnia všetky tri inštitúcie.